F.W. Junghuhn: Tahun-tahun pertama di Jawa dan Sumatera (1835 - 1848)

1835 tiba di Batavia, ia bertugas dalam dinas kesehatan di Batavia dan Semarang. 1837/38 dua perjalanan dinas dengan Dr. E. A. Fritze, pada waktu itu selaku direktur dinas kesehatan di Hindia-Belanda, untuk menjelajahi seluruh pulau Jawa. Mereka mendaki hampir segala gunung api di sana. Pada pertengahan 1840 Junghuhn dipindah ke Padang, di mana ia ditugaskan oleh gubernur Pieter Merkus pergi ke daerah Batak dan meyelikdikinya, karena pada waktu itu bagian Sumatera itu masih kurang terkenal. Hermann von Rosenberg, seorang penyelidik alam berkebangsaan Jerman disuruh mendampingi Junghuhn, meskipun von Rosenberg terpaksa mambatalkannya karena suatu peristiwa dalam kegiatan berburu, yang berakibatkan ia jatuh sakit. Makanya Junghuhn berangkat sendirian dan selama satu tahun setengah, selama ekspedisinya berlangsung hanya diiringi pendamping-pendamping pribumi saja.

Ia hanya dapat menjelajahi bagian Selatan dari daerah Batak, sebabnya masyarakat Batak di bagian Utara menghalanginya dari masuk ke pedalaman. Perjalanan ke daerah Batak juga dipersulitkan oleh akibat perang Paderi, yang baru berakhir pada tahun 1838 dan meninggalkan pada suku Batak suatu trauma terhadap orang dari luar. Perjalanan kaki Junghuhn melalui hutan belantara dan pegunungan di daerah Batak pada waktu itu sangat melelahkan dan penuh jerih payah. Tenaga fisik dan psikis Junghuhn dan para pendampingnya ditantang secara sangat berat. Dari 17 bulan, yang ia berada di daerah itu, ia terpaksa menjaga tempat tidur selama sepuluh bulan untuk merawat kakinya yang terkena sakit parah.

Dalam segala tulisannya ia menunjukkan simpati besar kepada orang Batak. Ia menghargai tinggi keramahan mereka terhadap orang tamu, spontanitasnya, keramah-tamahannya dan juga keterbukaannya. Ia mengagumi bahasa baku mereka, tetapi tidak dapat memahami kenapa mereka menggemari kanibalisme. Agaknya kanibalisme mereka cuma sebuah legenda, yang disebarluaskan oleh masyarakat Batak sendiri untuk menghalangi orang-orang luar dari masuk ke daerah mereka. Juni 1842 Junghuhn kembali di Batavia. Pemerintah kolonial Belanda menugaskan dia dengan pengukuran topografis Jawa Barat, kemudian juga Jawa Timur. Mei 1845 ia diangkat resmi sebagai anggota Natuurkundige Commissie di Batavia. Dari gubernur jenderal Rochussen ia bertugaskan mencari tempat di pulau Jawa, di mana dapat ditambang batubara.